なるべく低濃度をキープしたいのが硝酸塩(NO₃)濃度です。NO₃が多いと黒いヒゲ状のコケは大きくなり増えてしまいメンテナンスは大変になります。
汚れを分解する硝化菌や酸化細菌などによって糞や鰓からのアンモニアは最終的にNO₃になります。水槽に魚やエビがいる以上、この硝酸塩は生産され続けます。
外部フィルター等を利用して、酸素の少ない場所を作りＮＯ₃を減らす方法もありますが、ただ酸素の少ない場所を作るだけではそこにどんな菌が住み着くかわかりません。
希望としては酸素の少ない場所で働く（有機物を分解する）為に、酸素のかわりにＮＯ₃（硝酸塩）のO（酸素イオン）を使ってＮ₂（窒素）だけが取り残されて水中から外にでてくれる脱窒がいいのですが、ＮＯ₃（硝酸塩）がなくなると、硫酸イオンのO（酸素イオン）を使って硫化水素⇒硫化鉄が発生しますので、NO₃の値はある程度あると安心できます。 大型魚やディスカスや過密飼育水槽でいくら脱窒してもNO₃がなくならない水槽はいいのですが、水草水槽やシュリンプ水槽では餌が少なくNO₃も少ないので外部フィルターや内部フィルターを使うのはNO₃がゼロにならないという条件が必要です。
底面フィルターはソイル内にレッドビーシュリンプのフンや残りエサが落ちると、そこにバクテリアが群がり部分的な嫌気層が出来ますから、通性嫌気性のM87バクテリアを使っていると低濃度のNO₃をキープできます。